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Automatisierte Bild- und Datenanalyse

Automatisierte Bild- und Datenanalyse
Ansprechpartner:

Prof. Dr. Ralf Mikut
Dr. Markus Reischl

Projektgruppe:

Automatisierte Bild- und Datenanalyse

Förderung:

HGF POF III

Partner:· Laufende gemeinsame Projekte:
o Uni Rostock
o Uni Bremen (noch nicht final bestätigt)
· Geplante gemeinsame Publikationen und Projekte:
o national: Universitäten Bochum, Göttingen, Heidelberg, Leipzig, Lübeck, Ulm
o international: Aberystwyth

Beschreibung:

1.Entwicklung von automatisierten Auswertealgorithmen für die Bild- und Datenanalyse von Hochdurchsatz-Verfahren in der Mikroskopie im Rahmen des Screening Hub und des Imaging Hubs des Programms "Biointerfaces in Technology and Medicine" (BIF-TM)

  • Anwendungsszenario Zebrabärblinge Schwerpunkte: Analyse- und Visualisierungsmethoden für Zellmembranen in SPIM-Daten, Videodaten von Bewegungen, Analyse resultierender Zeitreihen, Analyse von Small Molecule Screens Kooperation mit ITG (AG Strähle, AG Geisler, AG Grabher, AG Dickmeis, AG Foulkes), APH (AG Nienhaus); Uni Ulm (AG Rottbauer, AG Just), University of Birmingham (AG Mueller), Howard Hughes Medical Institute, Janelia Farm Research Campus (AG Keller)
  • Anwendungsszenario Zelltypdetektion, -klassifikation und -beschreibung für High-Throughput-Toxikologie- und Genetikscreens Schwerpunkt: Vergleichende Datenanalyse von Versuchen über mehrere Zelllinien Kooperation mit ITG (AG Weiss, AG Davidson, AG Levkin)

2. Anwenderberatung zur Analyse biologischer, biomedizinischer und chemischer Bilder und Daten, u.a. im Rahmen des Screening Hubs und der Bioinformatics Plattform des Programms BIF-TM inkl. statistische Beratung für Tierversuchsanträge
Kooperationen (Auswahl): ITG (AG Strähle, AG Schepers, AG Rudolf), IAR (AG Schultz), University of London (AG Hilpert), Universität Leipzig (AG Hoffmann), Universität Bonn (AG Perner), Universität Bochum (AG Rosenhahn), Aberystwyth University (AG Huws), Universität Heidelberg (AG Rupp, AG Wolf), University of Warwick (AG Levi), Fa. Bauerfeind


3. Neue Methode zur Feedback-basierten Segmentierung und Visualisierung von
komplexen 3D-Bilddatensätzen, Anwendung auf Elektronenmikroskopie-Bilder Heika-Projekt, Laufzeit 1.1.-31.12.2015, Kooperation mit AG Leitte, Uni Heidelberg, Projektleitung: Dr. Reischl


4. Entwicklung einer neuen Methode zur Steuerung von Mensch-Maschine Schnittstellen:

  • Automatisierte bilaterale Kalibrierung für myoelektrische Signale
  • Abschließende Tests, Validierung und Dokumentation (BMBF-Projekt TELMYOS, Abschluss am 31. Juli 2015)

Kooperationen: Universität Göttingen (AG Liebetanz), Universität Heidelberg (AG Rupp) Projektleitung: Dr. Reischl


5. Entwicklung einer neuen Methode zur Beschreibung menschlicher Reaktionen auf Anreizsignale in Energiesystemen (Datenanalyse, Modellierung, Simulation; FE 5420.0051.6381) (DFG-Projekt, Abschluss 1. Phase am 30. April 2015)

  • Analyse Residens-Datensatz
  • Simulation im geschlossenen Regelkreis
  • Datenanalyse im Rahmen des EnergyLabs 2.0 (im Aufbau)
  • Integration in die MATLAB-Toolbox Gait-CAD Energy Extension und in MATPOWER Kooperationen: TU Ilmenau (AG Westermann), FhG AST Ilmenau (AG Bretschneider)

Projektleitung: Prof. Mikut


6. Softwareentwicklung (Open-Source)

  • Bereitstellung einer einsatzfähigen Version der clusterfähigen n-D Bildverarbeitungssoftware XPIWIT auf Basis von C++, ITK; Zusammenarbeit mit Large Scale Data Facility (LSDF), Kooperation mit SCC (AG v. Wezel), IPE (AG Stotzka) Formular-Version 01/2013
  • Gait-CAD: Erweiterung Haupt-Toolbox um Datenqualitätsmaße, Kompatibilität zu neuen MATLAB-Versionen, Gait-CAD Version 2015a/b auf Sourceforge


7. Vorlesungen in der Fakultät für Maschinenbau (verantwortlich: Computational Intelligence (neu) WS 2015/16, Computational Intelligence III SS 2015)